Cuando un trabajador se incapacita o pide una licencia, esos días dejan de pagarse como salario ordinario y entran a la nómina como novedades. La clave para liquidar bien y no perder plata está en identificar el origen de la novedad, porque de él depende quién la paga, en qué porcentaje y a partir de qué día. Manejarlas mal genera diferencias en la nómina, problemas en la PILA y, lo más costoso, la imposibilidad de recobrar ante la EPS o la ARL lo que el empleador adelantó.
En la práctica, casi siempre es el empleador quien paga al trabajador la incapacidad o la licencia en la nómina del período, para que la persona reciba su dinero a tiempo. Después, el empleador transcribe el soporte ante la entidad correspondiente y solicita el recobro de la parte que esta debe reconocer. Por eso el soporte (la incapacidad, la epicrisis, el registro civil o la constancia de defunción) es tan importante: sin él no hay recobro.
¿Qué tipos de incapacidades y licencias existen?
Antes de tocar la nómina conviene distinguir las novedades más frecuentes, porque cada una tiene su propio responsable de pago y su propia forma de recobro:
Incapacidad de origen común
Enfermedad general o accidente no laboral. Los dos primeros días los asume el empleador; a partir del tercero la paga la EPS al 66,67% del salario, con un mínimo según la norma vigente.
Incapacidad de origen laboral
Accidente de trabajo o enfermedad laboral. La paga la ARL al 100% del salario desde el día siguiente al evento. Requiere reporte del accidente y soporte de la incapacidad.
Licencia de maternidad
La reconoce la EPS, con la duración que establezca la norma vigente. El empleador suele pagarla en la nómina y luego la recobra presentando el registro civil y la documentación médica.
Licencia de paternidad
También la reconoce la EPS, con la duración que fije la norma vigente. Se paga al trabajador y se recobra ante la EPS con el registro civil de nacimiento y la constancia médica.
Licencia de luto
Días remunerados por el fallecimiento de un familiar, según la norma vigente. La asume el empleador y no se recobra: se reporta como novedad de nómina con su soporte de defunción.
Transcripción y recobro
El paso por el cual el empleador valida la incapacidad ante la EPS o la ARL y solicita el reembolso de lo pagado. Sin transcripción correcta no hay recobro reconocido.
Todas estas novedades comparten algo: requieren un soporte válido y un reporte coherente para que el empleador pueda recuperar el dinero adelantado. A continuación vemos quién paga cada una con precisión.
Incapacidad de origen común: quién paga y cuánto
La incapacidad de origen común es la que se genera por una enfermedad general o por un accidente que no tiene relación con el trabajo. Es la más frecuente y la que más errores de liquidación produce, porque el responsable del pago cambia según el día:
- Días 1 y 2: los asume directamente el empleador. No hay recobro por estos dos primeros días.
- A partir del día 3: el reconocimiento corre por cuenta de la EPS, liquidado sobre el 66,67% del salario, respetando un valor mínimo según la norma vigente.
En la nómina, lo habitual es que el empleador pague al trabajador el valor de la incapacidad en el período y luego transcriba el soporte ante la EPS para recobrar lo que corresponde desde el tercer día. Si la incapacidad inicial se prolonga, las prórrogas se siguen reconociendo bajo las mismas reglas. Por eso es vital registrar correctamente la fecha de inicio, la fecha de fin y si se trata de una incapacidad inicial o de una prórroga.
Incapacidad de origen laboral: la ARL paga al 100%
Cuando la incapacidad proviene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, el responsable del pago ya no es la EPS sino la ARL. La diferencia más importante para la nómina es doble:
- El reconocimiento es del 100% del salario, no del 66,67%.
- Se paga desde el día siguiente al accidente o al diagnóstico, sin los dos días a cargo del empleador.
Para que la ARL reconozca el pago, el evento debe estar reportado como accidente de trabajo o enfermedad laboral y la incapacidad debe estar debidamente soportada. Determinar bien el origen es decisivo: si una incapacidad laboral se registra por error como común, la empresa termina asumiendo dos días que no le correspondían y liquidando un porcentaje menor del que el trabajador tenía derecho a recibir.
Licencias de maternidad, paternidad y luto
Las licencias también son novedades de nómina, pero su responsable de pago y su recobro cambian según el tipo:
Licencia de maternidad y de paternidad
Ambas las reconoce la EPS, con la duración que establezca la norma vigente. En la operación diaria, el empleador suele pagarlas al trabajador en la nómina y luego solicita el recobro a la EPS, presentando la documentación exigida: el registro civil de nacimiento, la epicrisis o constancia médica del parto y los demás soportes requeridos. Como la EPS reembolsa el valor reconocido, es importante que el salario base y los días de la licencia queden bien registrados para que el recobro coincida con lo pagado.
Licencia de luto
La licencia de luto corresponde a unos días remunerados por el fallecimiento de un familiar, según la norma vigente. A diferencia de las anteriores, la asume el empleador y no se recobra ante la EPS ni la ARL. Aun así, debe registrarse como novedad de nómina con su soporte (constancia de defunción) para que quede trazable y se diferencie de una ausencia injustificada.
Efecto en la nómina y en la PILA
Toda incapacidad o licencia tiene un doble efecto: ajusta el pago del período y modifica lo que se reporta en la PILA (Planilla Integrada de Liquidación de Aportes). En la nómina, los días de novedad sustituyen el salario ordinario por el valor reconocido para esa novedad. En la PILA, esos mismos días se reportan con la novedad correspondiente, lo que ajusta el ingreso base de cotización y los aportes a salud, pensión y, según el caso, riesgos laborales.
Reportar mal estos días tiene consecuencias concretas: aportes inconsistentes, diferencias entre lo pagado y lo cotizado y, sobre todo, recobros rechazados. Si los días de incapacidad reportados en la PILA no coinciden con el soporte transcrito ante la EPS o la ARL, la entidad puede negar el reembolso. Por eso conviene que el cálculo de la nómina y el reporte de la PILA salgan de la misma fuente de datos.
Cómo lo maneja GestiovaRH
Llevar todo esto a mano, en hojas de cálculo, es justo donde se cometen los errores costosos. GestiovaRH registra incapacidades y licencias, las integra a la liquidación y deja el soporte para el recobro ante la EPS o la ARL. Al registrar la novedad indicando su tipo y origen, el sistema aplica automáticamente las reglas de pago correctas y deja todo listo para el reporte:
- Distingue el origen común del origen laboral y aplica el reparto correcto entre empleador, EPS y ARL.
- Liquida la incapacidad de enfermedad general al 66,67% desde el tercer día y la de origen laboral al 100% desde el día siguiente, según la norma vigente.
- Maneja las licencias de maternidad, paternidad y luto con su duración y su responsable de pago.
- Integra cada novedad a la liquidación de nómina del período sin recálculos manuales.
- Prepara un reporte coherente para la PILA, con los días y novedades alineados con lo liquidado.
- Conserva el soporte de cada novedad para facilitar la transcripción y el recobro ante la EPS o la ARL.
El resultado es una nómina que paga lo correcto al trabajador, deja trazado lo que el empleador puede recuperar y reporta a la PILA de forma consistente, reduciendo el riesgo de recobros perdidos.
Preguntas frecuentes sobre incapacidades y licencias en la nómina
Gestiova S.A.S — Cali, Colombia
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